Pemerintahan Nagari yang menjadi organisasi struktural otonom untuk menjalankan roda pemerintahan, atas nama otonomi berwenang untuk membentuk suatu peraturan di tingkatan Nagari. Peraturan Desa sebagai produk hukum pemerintahan Desa menjadi suatu norma hukum yang berlaku, tidak dapat dilepaskan dari sistem peraturan perundang-undangan di Indonesia. Setidaknya, kedudukan Peraturan Nagari akan mencerminkan bagaimana otonomi Nagari yang melekat pada Desa secara tegas diatur dalam peraturan perundang-undangan.
Di lain pihak Syamsul Bachri, berpendapat bahwa pemberian otonomi bukan hanya sekedar persoalan penambahan jumlah urusan atau persoalan perimbangan keuangan antara Pusat dan Daerah, akan tetapi yang penting adalah: (1) adanya otoritas (authority) yang secara esensial menimbulkan hak untuk mengatur dan mengurus otonomi daerah, (2) Pemerintah Daerah dan segenap lembaga-lembaga Daerah memiliki full authority, full responsibility dan full accountability, dan (3) Tak ada lagi problem birokrasi klasik dan pemerintahan sentralistik.
Keterkaitan antara otonomi desa dan kedudukan Peraturan Desa dapat dilihat dengan menghubungkan antara peraturan yang mengatur otonomi Desa yaitu, Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 Tentang Desa, dan sistem peraturan perundang-undangan yang diatur melalui Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2011 Tentang Pembentukan Peraturan Perundang-undangan.
Berdasarkan Penjelasan Peraturan Pemerintah Nomor 72 Tahun 2005 tentang Desa, menyatakan bahwa :
"Otonomi asli, memiliki makna bahwa kewenangan pemerintahan desa dalam mengatur dan mengurus masyarakat setempat didasarkan pada hak asal usul dan nilai-nilai sosial budaya yang terdapat pada masyarakat setempat namun harus diselenggarakan dalam perspektif adiministrasi pemerintahan negara yang selalu mengikuti perkembangan zaman".
Keputusan akhir terhadap pemerintahan Desa jatuh pada konsep desentralisasi bagi pemerintahan Desa pada umumnya, otonomi asli yang melekat pula hak asal usul dimana pemerintahan Desa dijalankan berdasarkan susunan asli dalam Desa adat, dan dekonsentrasi bagi wilayah setingkat Desa yang menjadi wilayah administratif, yaitu kelurahan. Atas nama otonomi, maka diberikan kewenangan untuk mengatur urusan pemerintahan Desa dan kewenangan untuk membuat suatu peraturan untuk menjalankan kewenangan tersebut.
Pada pelaksanaan otonomi Desa, kewenangan pembentukan peraturan di tingkat Desa didelegasikan kepada Badan Permusyawaratan Desa melalui UU Nomor 6 Tahun 2014 Tentang Desa. Secara definisi, Peraturan Desa adalah peraturan perundang-undangan yang ditetapkan oleh Kepala Desa setelah dibahas dan disepakati bersama Badan Permusyawaratan Desa. Terlihat dalam definisi tersebut, terdapat dua organ pemerintahan Desa yang secara bersama membentuk Peraturan Desa, yaitu: pertama, Kepala Desa yang berhak untuk mengusulkan rancangan Peraturan Desa dan berwenang untuk menetapkan peraturan desa; kedua, Badan Permusyawaratan Desa yang berhak mengusulkan rancangan Peraturan Desa dan memiliki fungsi membahas dan menyepakati rancangan Peraturan Desa.
Peraturan Nagari ditetapkan oleh Kepala Desa/nagari setelah dibahas dan disepakati bersama Badan Permusyawaratan Desa, merupakan kerangka hukum dan kebijakan dalam penyelenggaraan pemerintahan Desa/nagari dan pembangunan Desa. Secara tegas, substansi Peraturan Desa berisikan materi muatan pelaksanaan kewenangan pemerintahan Desa dan penjabaran lebih lanjut peraturan perundang-undangan yang lebih tinggi.
