Eksistensi Peraturan Nagari itu sendiri merupakan bagian dari produk hukum nasional disebabkan bahwa Peraturan Daerah yang mengenai hal-hal yang lebih kompleks tentang Peraturan Nagari itu sendiri merupakan salah satu susunan hierarki Peraturan Perundangan-undangan walaupun kedudukannya terbawah namun merupakan salah satu tata susunan Peraturan Perundang-undangan dan diakui. Peraturan Nagari yang mengatur kewenangan Nagari berdasarkan hak asal usul dan kewenangan berskala lokal Nagari pelaksanaannya diawasi oleh masyarakat Nagari dan Badan Permusyawaratan Nagari. Hal itu dimaksudkan agar pelaksanaan Peraturan Nagari senantiasa dapat diawasi secara berkelanjutan oleh warga masyarakat Nagari setempat mengingat Peraturan Nagari ditetapkan untuk kepentingan masyarakat Nagari.
Diakuinya keberadaan Peraturan Desa dan mempunyai kekuatan hukum yang mengikat sepanjang diperintahkan oleh peraturan yang lebih tinggi atau dibentuk berdasarkan kewenangan (formal), dipertegas dalam Pasal 8 ayat (2) UU Nomor 12 Tahun 2011. Berdasarkan pasal 101 UU Nomor 12 Tahun 2011, semua Peraturan Perundang-undangan yang merupakan peraturan pelaksana dari UU Nomor 10 Tahun 2004, dinyatakan masih berlaku sepanjang tidak bertentangan dengan ketentuan UU Nomor 12 Tahun 2011. Jadi, walaupun UU Nomor 10 Tahun 2004 sudah dicabut, tetapi Peraturan Pemerintahnya masih berlaku, juga Peraturan Pemerintah dari UU Nomor 32 Tahun 2004 sebagai pelaksana pasal tentang Desa di Undang-Undang tersebut, yaitu Peraturan Pemerintah Nomor 72 Tahun 2005 tentang Desa. Pemerintah Desa tidak dapat begitu saja membentuk sebuah Peraturan Desa untuk menjabarkan Peraturan Perundang-undangan di tingkat yang lebih tinggi, jika tidak ada perintah dari Peraturan Perundang-undangan atau pendelegasian, karena urusan atau kewenangan asli yang diselenggarakan desa sangat terbatas.
Pasal 8 ayat (1) UU Nomor 12 Tahun 2011 menjelaskan Status hukum dari Peraturan Desa atau sebutan lainnya. Disebutkan bahwa jenis Peraturan Perundang-undangan lain juga mencakup peraturan yang ditetapkan oleh Majelis Permusyawaratan Rakyat, Dewan Perwakilan Rakyat, Dewan Perwakilan Daerah, Mahkamah Agung, Mahkamah Konstitusi, Badan Pemeriksa Keuangan, Komisi Yudisial, Bank Indonesia, Menteri, Badan, Lembaga, atau Komisi yang setingkat yang dibentuk dengan Undang-Undang atau Pemerintah atas perintah Undang-Undang, Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Provinsi, Gubernur, Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kabupaten/Kota Bupati/Walikota, Kepala Desa atau yang setingkat.
Selanjutnya dijelaskan bahwa peraturan perundang-undangan tersebut diakui keberadaannya dan mempunyai kekuatan hukum yang mengikat sepanjang diperintahkan oleh peraturan perundang-undangan yang lebih tinggi atau dibentuk berdasarkan kewenangan. Ketentuan Pasal 8 ayat (1) mencantumkan frasa "kepala desa atau yang setingkat" dapat diartikan bahwa Peraturan Desa sebagai produk hukum pemerintahan desa merupakan salah satu jenis peraturan perundang-undangan. Selanjutnya, ketentuan Pasal 8 ayat (2) menjelaskan bahwa peraturan perundang- undangan tersebut diakui keberadaannya dan mempunyai kekuatan hukum mengikat sepanjang diperintahkan oleh peraturan perundang-undangan yang lebih tinggi atau dibentuk berdasarkan kewenangan. Artinya, untuk mengakui Peraturan Desa, harus dilihat siapa lembaga yang memiliki kewenangan untuk membentuk Peraturan Desa dan apakah kewenangan tersebut diperintahkan oleh suatu peraturan perundang-undangan.
Persoalan status Peraturan Desa/nagari jika dikaji dari perspektif UU No. 12 Tahun 2011 Tentang Pembentukan Peraturan Perundang-Undangan, maka dapat dipergunakan asas lex specialis derogate legi generalis. Dalam arti keberadaan Peraturan Desa/nagari diatur secara tegas dalam Undang-Undang No. 32 Tahun 2004 Tentang Pemerintahan Daerah (lex specialis), sedangkan Undang-Undang No 12 Tahun 2011 adalah lex generalis. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa Peraturan Desa/nagari tetap memiliki status hukum yang keberadaannya diakui dan memiliki kekuatan hukum mengikat.
Penghapusan Peraturan Desa dalam hierarki peraturan perundang- undangan tidak menimbulkan implikasi terhadap penyelenggaraan pemerintahan desa, karena Badan Perwakilan Desa tetap dapat membentuk Peraturan Desa atas dasar perintah Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 khususnya Pasal 209 serta Peraturan Pemerintah Nomor 72 Tahun 2005 Tentang Desa.
Laica M. Marzuki, dalam rapat panitia khusus rancangan undang-undang pembentukan peraturan perundang-undangan menyampaikan bahwa :
"Manakala peraturan desa tidak diatur, tidak dicantumkan dalam RUU, pertama-tama akan terjadi tabrakan peraturan perundang-undangan antara UU Nomor 32 Tahun 2004 dengan UU Pembentukan Peraturan Perundang-undangan itu sendiri. Dan ini tidak boleh apabila terjadi botsing regeling. Tatkala pemerintahan desa diakui dalam UU No. 32 Tahun 2004, sedangkan tidak diatur dalam RUU Pembentukan Peraturan Perundang- undangan, maka berarti kita membangun suatu norm less government, yakni suatu pemerintahan yang tidak memiliki norma."
Beliau menegaskan betapa pentingnya Peraturan Desa kemudian diatur dalam Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2011 Tentang Pembentukan Peraturan Perundang-undangan, terkhusus implikasinya adalah benturan antar peraturan dan pemerintahan tanpa norma. Pemahaman yang kemudian dibangun adalah secara hierarki peraturan perundang-undangan didasarkan pada hierarki struktural, yang menggambarkan susunan lembaga negara/pemerintahan yang berwenang dalam penyelenggaraan pemerintahan. Di sisi lain, dalam pengaturannya juga mengakui hierarki secara fungsional, yang artinya pengakuan berdasarkan kewenangan delegasi, dimana suatu undang-undang dapat menentukan pengaturan lebih lanjut materi tertentu dengan peraturan perundang-undangan yang tidak terdapat dalam hierarki struktural. Inilah yang menurut Jimly Asshidiqqie biasa disebut hierarki fungsional yang didasarkan pada prinsip "delegation and sub-delegation of rule-making power".
