Lahirnya Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 Tentang Desa sebagai Peraturan Perundang-undangan baru yang mengatur Pemerintahan Desa setidaknya membawa perubahan pada kedudukan Pemerintahan Desa. Desa yang mendapatkan hak otonomi kemudian digolongkan menjadi dua macam otonomi, yaitu: pertama, otonomi yang didasarkan pada konsep desentralisasi; kedua, otonomi yang didasarkan pada konsep otonomi asli. Inilah yang kemudian disebut dengan penggabungan dalam konstruksi pengaturannya antara self-governing community dan local self government.
Jika membandingkan dengan peraturan perundang-undangan yang sebelumnya, tentu kedudukan pemerintahan Nagari saat ini semakin jelas secara struktural, yakni sebagai pemerintahan struktural terendah dalam kekuasaan negara. Kedudukan yang tegas tersebut, secara hukum dapat dilihat dari pengaturan pemerintahan Desa yang sebelumnya hanya menjadi bagian dari pengaturan pemerintahan di daerah melalui Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 Tentang Pemerintahan Daerah, kemudian diatur tersendiri dalam Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 Tentang Desa.
Secara teori norma hukum, peraturan Nagari dapat digolongkan sebagai peraturan otonom (Autonome Satzung) yang dibentuk berdasarkan atribusi kewenangan (attribute van wetgevingsbevoegdheid), dimana kewenangan untuk membentuk peraturan perundang-undangan tersebut diberikan oleh Grondwet (Undang-Undang Dasar) atau Wet (Undang-Undang), kepada suatu lembaga negara/pemerintahan. Dalam hal ini pemberian kewenangan tersebut dilakukan melalui Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 Tentang Desa.
Peraturan otonom, selanjutnya secara lebih teknis akan dijalankan melalui peraturan pelaksana (Verordnung). Peraturan pelaksana kemudian dibentuk berdasarkan kewenangan delegasi, yakni pelimpahan kewenangan membentuk peraturan perundang-undangan yang dilakukan oleh peraturan perundang- undangan yang lebih tinggi kepada peraturan perundang-undangan yang lebih rendah, baik pelimpahan dinyatakan dengan tegas maupun tidak. Peraturan Desa yang menjadi peraturan otonom kemudian akan dilaksanakan dengan Peraturan Kepala Desa sebagai peraturan pelaksananya. Sebagaimana secara tegas dinyatakan dalam Pasal 69 ayat (12), bahwa dalam pelaksanaan Peraturan Desa, Kepala Desa menetapkan Peraturan Kepala Desa sebagai aturan pelaksanaannya.
Jika dikaji dalam teori hierarki peraturan perudang-undangan, peraturan Nagari merupakan jenjang peraturan terendah yang bersumber pada peraturan yang lebih tinggi, yaitu Peraturan Daerah Kabupaten/Kota, Peraturan Daerah Provinsi, Peraturan Presiden, Peraturan Pemerintah, Undang-Undang/Peraturan Pemerintah Pengganti Undang-Undang, Ketetapan Majelis Permusyawaratan Rakyat, hingga yang tertinggi adalah Undang- Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945.
Jimly Asshidiqie berpendapat, bahwa Peraturan Desa tidak perlu dimasukkan ke dalam kategori peraturan perundang-undangan negara, mengingat pemerintahan Desa berbeda karena self-governing communities (zelfbestuur gemeinschap) yang menjadi unit-unit kegiatan masyarakat di luar pengertian formal daya jangkau organisasi negara. Menurut penulis, pendapat tersebut benar karena menempatkan pemerintahan Desa sesuai hakikatnya, yang merupakan self-governing communities (zelfbestuur gemeinschap). Namun, perbedaan ada pada konteks Peraturan Desa dimana tidak dicantumkan dalam hierarki peraturan perundang- undangan, ini perlu dikaji lebih lanjut.
Desa menurut Bayu Surianingrat dibagi dalam dua bentuk, yaitu: pertama, Desa genealogis, merupakan Desa yang penduduknya memiliki hubungan kekeluargaan dan berasal dari keturunan leluhur yang sama; kedua, Desa teritorial, merupakan Desa yang masyarakatnya tidak memiliki hubungan keturunan satu sama lain, karena hanya bertempat tinggal di daerah yang sama dikarenakan masyarakatnya yang mempunyai kepentingan bersama. Maka, pendapat yang disampaikan oleh Jimly Asshidiqie, akan relevan jika seluruh Desa di Indonesia merupakan Desa dengan dasar genealogis yang diberikan otonomi asli dalam undang-undang.
Realita saat ini, dari dinamika pengaturan Nagari tidak semua desa di Indonesia merupakan Desa dengan dasar genealogis dan mendapatkan otonomi asli pada pemerintahannya yang berdasarkan hukum adat, tetapi Desa bergeser menjadi Desa terotorial karena percampuran penduduk yang ada di desa tersebut. Artinya, tidak pada semua Desa menggunakan hukum adat yang berlaku bagi penduduknya. Maka, Desa tersebut mengacu pada norma hukum formal yang berlaku pada sistem hukum negara dan untuk mengakomodir hak-hak pemerintahan desa, pemerintahan negara memberikan pengakuan pemerintahan desa melalui otonomi dengan dasar desentralisasi. Oleh karena itu, Desa yang berdasarkan otonomi desentralisasi dan mengikuti norma hukum formal negara perlu untuk diakomodir atas produk hukum yang dihasilkan oleh pemerintahan Desa tersebut ke dalam sistem jenjang norma hukum agar terjalin keselarasan antar peraturan perundang-undangan.
Masuknya peraturan Desa/Nagari ke dalam hierarki peraturan perundang- undangan secara tidak langsung akan mempertegas kedudukan Peraturan Desa dan meminimalisir terjadinya benturan peraturan perundang-undangan. Peraturan Desa yang menjadi hierarki terendah tentunya tidak boleh bertentangan dengan peraturan yang lebih tinggi. Kedudukan tersebut yang kemudian akan membatasi materi muatan Peraturan Desa dengan sendirinya, termasuk pula pada hukum adat. Materi muatan Peraturan Desa dan hukum adat hanya mencakup apa yang menjadi kewenangannya saja. Artinya, batasan tersebut dapat dilihat dari sejauh mana kewenangan Desa dan juga Desa adat dalam menjalankan kewenangan penyelenggaraan pemerintahan Desa dalam pengaturan pemerintahan Desa.
